Преподобноисповедник Рафаил родился в 1891 году в слободе Велико-Михайловской Нижне-Оскольского уезда Курской губернии в семье малороссийского крестьянина Ивана Шейченко, занимавшегося сапожным ремеслом и переплетным делом, и в крещении был наречен Родионом. В 1906 году Родион окончил церковноприходскую школу и поступил в земское училище, в котором проучился три года, и затем работал, как и отец, сапожником. В 1913 году он был призван в армию и здесь окончил военно-ветеринарную фельдшерскую школу; ему было присвоено звание унтер-офицера и он был отправлен в 6-й уланский Волынский полк, где прослужил до демобилизации в 1918 году. Вернувшись с фронта на родину, Родион попрощался со всеми своими домашними и отправился в Оптину пустынь, где уже не один раз бывал до того паломником и трудником.
Родион Иванович пришел в Оптину уже зрелым человеком, хотя, как он писал своей духовной дочери: «От дней детства, под кровом родителя своего, я всей пылкостью чистой юной души любил и жаждал святого иноческого жития. Оно было мечтой детства и усладой юности. И вот я стал у преддверия желаний моих….» Окончательное решение принять монашество пришло после трагического случая в его семье. На его глазах убили кого-то из его близких, и он сам на салазках привез тело убитого домой. Видимо это послужило последним толчком к тому, чтобы порвать с миром.
В 1923 году Оптину закрыли, а монахов выселили. С великой скорбью покидали иноки обитель. Большинство, в том числе и отец Рафаил (он стал иеродиаконом еще до закрытия монастыря), поселились в городе Козельске и старались служить, где было только возможно. Это продолжалось до 1928 года. Братии делалось все меньше, одни уезжали, других арестовывали, а в 1928 году были арестованы все оставшиеся монахи Оптиной, среди них был и отец Рафаил.
В ссылках отец Рафаил провел 21 год: первое время он отбывал срок под Москвой, в Дмитровском районе (Дмитлаг), затем 10 лет был на тяжелых работах на Баренцевом море, а потом трудился ветеринаром. Последний свой срок отец Рафаил отбывал на Соловках.
Сразу после ареста отец Рафаил попал в лагерь общего режима и стал работать в нем по своей старой специальности ветеринаром, при лагере было подсобное хозяйство (свиноводство). Поэтому он жил не в общем бараке, а в «отдельной комнатке» — стойле свинарника. Собрав богослужебные книги, он ежедневно совершал службы в «своей комнатке». Когда в 1931 году туда же был прислан отец Борис Холчев, отец Рафаил выхлопотал разрешение поселить батюшку вместе с ним в свином стойле; вместе они встретили Пасху 1931 года.
Когда открылось, что отец Рафаил тайно совершает службы, он получил дополнительный срок — 15 лет лагерей строгого режима, который отбывал на Соловках. Из лагеря отец Рафаил вышел в середине 1940-х годов инвалидом. Он поселился недалеко от Оптиной пустыни (освобожденный заключенный должен был назвать точное место, куда он поедет, и отец Рафаил назвал город Козельск). Приехав в Козельск, он нашел там полную разруху. Действующего храма в городе не было. Физически отец Рафаил был очень слаб, но душа его горела любовью к Богу. Он поехал в Москву к митрополиту Крутицкому и Коломенскому Николаю (Ярушевичу), который посвятил его в иеромонахи (это произошло в день празднования иконы «Утоли моя печали» в московском храме Успения в Гончарах, что на Таганке) и благословил хлопотать об открытии храма.
Служение отец Рафаил проходил в городе Сухиничи, затем в Георгиевском храме города Козельска. Восстановив козельский Благовещенский храм, он был назначен его настоятелем.
Отец Рафаил был человеком великой любви и жалости к людям. Приехав в Козельск, он стал заботиться о состарившихся и немощных сестрах Шамординского монастыря, многие из них тоже вернулись из ссылок. Душа его вмещала всех, кто нуждался в помощи. Все шли к нему, как к родному отцу, и всех он согревал своей любовью. Много было и не монашествующих, но просто исстрадавшихся от многообразных трудностей, и для каждого в его душе находилось тепло.
В конце 1940-х годов в Козельске рукоположили в священники бывшего учителя, отца Сергия, который стал служить с отцом Рафаилом. Всеобщая любовь, которой пользовался отец Рафаил, видимо, возбудила в сердце отца Сергия зависть, и он уговорил одну из прихожанок написать ложный донос на отца Рафаила в МГБ. Она написала, что отец Рафаил был связан с немцами, и его снова арестовали и отправили в лагерь (1949–1955) под город Киров, где батюшка отсидел 5 лет и 8 месяцев. Отец Рафаил, слабый и совершенно больной (ему уже было за 60 лет), сидел с уголовниками. Без него в Козельске был освящен Благовещенский храм, и отец Сергий стал там настоятелем. В письмах из лагеря отец Рафаил умолял своих духовных чад «простить Наташу» (которая прислала ему покаянное письмо о своем грехе доносительства), и говорил о том, что без воли Божией «ни влас с головы не пропадет», что «нужно смиряться перед волей Божией, в какой бы тяжелой форме она ни выражалась».
Находясь в лагере, отец Рафаил писал знакомым; некоторые письма, не доходили до адресатов и забирались оперуполномоченным НКВД, который, в конце концов, счел, что оптинский монах ведет слишком активную религиозную жизнь, и принялся собирать материалы для его ареста.
Среди текстов, которые были поставлены впоследствии отцу Рафаилу в вину, были и стихи помощницы во узах находящимся, Татьяны (Гримблит), с которой отец Рафаил был одно время в Вишерском лагере. Стихи, написанные Татьяной в девятнадцать лет, настолько поразили отца Рафаила и настолько оказались созвучны его собственному настроению, что он выучил их наизусть, немного переделав.
«…Мне не радость сулит эта жизнь на земле –
Я решил ведь идти за Тобою,
И в награду за то, что служил я Тебе,
Мир покроет меня клеветою.
Но во имя Твое все готов я терпеть –
Хоть сплошное ненастье найду.
За Тебя, мой Господь, я готов умереть,
За Тебя на страданье пойду.
Мир не понял меня и над скорбью святой,
Что в своей затаил я груди,
Посмеется шутя и, смеясь над Тобой,
Приготовит мне крест впереди.
Но готов я служить всей душою Тебе, –
Пусть враги мне друзья все мои;
Утиши мою скорбь, мир усталой душе
Ниспошли в наши тяжкие дни.
Пусть осудят меня и не будет друзей,
Я с Тобою останусь всегда, –
Только будь неразлучен с душою моей,
Помоги выпить чашу до дна.
Я отраду нашел у креста Твоего,
Я уж в мире от мира ушел,
Мой душевный покой, все отдал за него,
Но зато ведь Тебя я нашел.
Не слезами, а кровью все раны Твои,
Мой Спаситель, готов я омыть:
Я молю, пусть настанут же дни,
Чтоб и жизнь за Тебя положить».
Выйдя из заключения, отец Рафаил стал служить в восстановленном им храме, в котором настоятельствовал отец Сергий, и поэтому отец Рафаил смиренно стал вторым священником в своем же храме. Несмотря на слабость здоровья, дверь отца Рафаила, как и до ссылки, никогда не закрывалась, и он принимал всех нуждающихся.
Иеромонах Рафаил был духовным сыном преподобного Нектария, также был близок с архимандритом Борисом (Холчевым) и епископом Стефаном (Никитиным). В 1957 году к отцу Рафаилу приезжал Иван Митрофанович Беляев (бывший послушник Оптинского скита, родной брат преподобного Никона), который на старости лет вновь обрел веру. После беседы с отцом Рафаилом Иван Митрофанович даже хотел остаться у него в Козельске, но отец Рафаил благословил его вернуться в Москву и нести свой семейный крест до конца.
На Троицкую родительскую субботу 1957 года, вернувшись с кладбища после многочисленных панихид, отец Рафаил заболел воспалением легких, после чего и скончался через 10 дней. Похоронен он был на городском кладбище города Козельска; на могиле его не было надписи, потому что в ней похоронили еще двух священников.
Летом 2005 года останки иеромонаха Рафаила были перенесены в Оптину пустынь и захоронены на братском кладбище монастыря.